生化学と分析生化学

概要

Human.miRFFL.DB: ヒト miRNA 共調節ネットワークと関連する調節回路の厳選リソース

Pankaj Khurana*、Rajeev Varshney、R Sugadev

遺伝子調節は、調節要素とその標的が高度に複雑なネットワーク相互作用を形成し、正常な生物学的生理機能だけでなく、疾患の発症と進行にも影響を及ぼす複雑なプロセスであると考えられています。転写因子 (TF) とマイクロ RNA (miRNA) は、重要な生物学的プロセスを制御する遺伝子発現の基本的な転写および転写後調節因子です。近年、多くのハイスループット研究により、複雑な調節相互作用は、標的遺伝子 (TG) を連携して調節する miRNA と TF の複雑な相互作用によって媒介されることが明らかになりました。miRNA と TF は、相互に調節することも知られています。この複雑な共調節メカニズムは、miRNA:TF:TG 共調節ネットワークの形式で表すことができます。このネットワークを使用して、調節回路と呼ばれるいくつかの小さな繰り返しサブグラフを識別できます。フィードフォワード ループ (FFL) とも呼ばれるこれらの調節回路の 1 つは、miRNA と TF で構成される 3 つのノード パターンであり、一方が他方を調節し、両方が共同で TG を調節します。これらの調節回路は、多くの生理学的および病理学的状態における遺伝子調節の複雑な相互作用を解明する上で有用であることが証明されています。

Human.miRFFL.DB は、ヒト miRNA:TF:TG 共調節性指向ネットワークとそれに関連する調節回路の包括的な統合リソースです。グラフ理論の原理に基づく社内スクリプトを使用して、miRNA-FFL と TF-FFL の両方の種類の FFL モチーフを識別しました。このデータベースでは、共調節性ネットワークと関連する FFL のインタラクティブな視覚化も提供されます。Human.miRFFL.DB は、これらの調節性生体分子の複雑な細胞相互作用を解読するための、ヒト miRNA:TF:TG 共調節性ネットワークと関連する FFL の包括的なすぐに使用できるリファレンスとして使用できます。Human.miRFFL.DB は、http://mirffldb.in/human/ でオンラインで入手できます。