生化学と分析生化学

概要

高分子精製におけるセレノメチオニンの取り扱い

ヤロスワフ・ブワシュチク

タンパク質データバンクでは、セレン誘導体化タンパク質から決定されたX線構造を見つけることができますが、驚いたことに、登録された座標には天然のメチオニンが含まれています。この問題は、化学反応中に天然メチオニンがセレノメチオニンに完全に置換されなかったことが原因であると考えられます。このようなサンプルから結晶が成長し、後でX線分析にかけられると、天然硫黄が部分的に存在する可能性があります。この論文は、セレノメチオニンの精製をどのように扱うべきかについての議論の声です。この研究の目的は、特に高解像度で決定された高分子構造において、セレノメチオニンを純粋に天然メチオニンとして精製できない理由を説明することです。セレンと硫黄は異なる化学元素であるため、これは重要です。正しい原子タイプの精製の重要性を説明するために、著者は、主に以前に報告された硫黄またはセレンを含む小さな有機構造から収集した証拠を示しています。著者は、セレンを含む X 線構造が、硫黄を含む類似体と決して同一ではないことを強調しています。少なくともそれぞれの結合長は異なります。公開されている 2 つの X 線構造が再精緻化されており、1 つは小分子、もう 1 つは高分子で、原子の種類が意図的に変更されています。化学的に正しくない原子の種類を精緻化したことで、原子変位パラメータの不自然な動作が生じました。著者は、正しくない原子の種類を含む構造は実験データを表すことはできず、モデルとしてのみ機能すると結論付けています。PDB には、完全に Se-Met 誘導体化されていないタンパク質のセレノメチオニンを、100% 未満の任意の割合の占有率で精緻化できる例があります。これが、座標に S 原子を含む上記の Se-Met 構造のさまざまな再精緻化を実行するきっかけとなりました。これらの再精緻化では、セレノメチオニンをさまざまな方法で処理し、結果を比較しています。著者は、方法として、分数占有率によるセレンと硫黄の化学的同一性の改良を提案しています。