生化学と分析生化学

概要

細菌 Salinibacter Ruber、Chromohalobacter Salexigens、Rhizobium Etli におけるコドン使用バイアスとコドンコンテキストパターンのゲノムワイド相対分析

モハマド・サミル・ファルーキ、DCミシュラ、ニヤティ・ライ、DPシン、アニル・ライ、KKチャトゥルヴェディ、ラトナ・プラバ、マンジート・カウル

コドンは、生物におけるタンパク質合成時の生物学的メッセージ伝達の基本単位です。コドン使用バイアスとは、生物における同義コドンの優先使用です。同義コドンの優先使用は、種間だけでなく、種の同じゲノム内の遺伝子間でも発生します。このコドン使用パターンの変動は、突然変異、ドリフト、圧力などの自然プロセスによって制御されます。本研究では、Salinibacter ruber（高度好塩性）、Chromohalobacter salexigens（中等度好塩性）、Rhizobium etli（非好塩性）のコドン使用バイアスとコドンコンテキストパターンを見つけるために、計算手法と統計手法を使用しました。これに加えて、翻訳されたアミノ酸頻度、有効コドン数、最適コドンの構成変動も研究されました。ENc と GC3s のプロットは、突然変異バイアスと翻訳選択の両方がこれらのコドンバイアスの違いに寄与していることを示唆しています。しかし、好塩性細菌 (Salinibacter ruber および Chromohalobacter salexigens) における同義コドン使用パターンの原動力は突然変異の偏りであり、非好塩性細菌 (Rhizobium etli) におけるコドン使用パターンには翻訳選択が影響しているようです。相対的同義コドン使用の対応分析により、研究対象の細菌では数が異なる遺伝子のクラスターが明らかになりました。さらに、これらの細菌ではコドンのコンテキスト パターンも変動することが確認されました。これらの結果は、これらの細菌ゲノムにおけるコドン使用パターンの変動を明確に示しています。