生化学と分析生化学

概要

潜在的阻害剤設計のためのレジオネラ・ニューモフィラMurB還元酵素のドッキングと分子動力学シミュレーション

ヴァニ・プリヤダルシニ、ディビヤババ・プラダン、マンネ・ムニクマール、アミニニ・ウママヘスワリ、D・ラジャセカール、PVLN Srinivasa Rao

レジオネラ・ニューモフィラは、レジオネラ症、肺炎、および生命を脅かす人工弁心内膜炎の原因菌です。細胞壁の成分であるペプチドグリカンの生合成に重要な酵素の1つであるMurB還元酵素は、レジオネラ・ニューモフィラを含む感染性心内膜炎を引き起こす細菌性病原体に対する一般的な薬剤ターゲットとして特定されました。FADを含むMurB還元酵素は補因子として機能し、UDP-N-アセチルエノールピルビルグルコサミン（UDP-GlcNAcEP）からUDP-N-アセチルムラミン酸へのNADPH依存性還元を触媒します。本研究では、Maestro v9.2の仮想スクリーニングワークフローに実装されたGlide v5.7のシーケンシャルプロトコルを使用して、360個のFAD構造類似体をレジオネラ・ニューモフィラのMurB還元酵素にドッキングしました。ドッキング解析により得られた 7 つのリードのうち、リード 1 (XPGscore -13.27Kcal/mol) のみが、補因子 FAD (XPGscore -13.25Kcal/mol) と比較して MurB 還元酵素に対する結合親和性が優れていることが観察されました。MurB 還元酵素 - リード 1 ドッキング複合体の分子レベルの相互作用は、MurB 還元酵素 - FAD 複合体と良好な相関関係を示しました。さらに、MurB 還元酵素 - リード 1 ドッキング複合体の分子動力学シミュレーションが Desmond v3.0 を使用して実行され、さまざまな時間スケールでの溶液中のドッキング複合体の自然な動力学が明らかにされました。MurB 還元酵素 - リード 1 複合体の分子動力学シミュレーションは、ドッキング相互作用の安定した性質を示しました。