熱帯医学と外科

概要

オミクロンの全ゲノム配列解析により、2021年11月から2022年1月にかけてインドで発生した複数のアウトブレイクと導入イベントが特定された。

シュリードニヤ D. マラテ、ヴァルン シャマンナ、ギーサ ナガラジ、ニスチタ S、ムトゥミーナクシ バスカラン、KL ラヴィ クマール

懸念される変異株（VOC）であるオミクロンは、インドを含むSARS CoV-2パンデミックの第3波の間に世界中で広まっている主要な変異株です。世界保健機関は、その高い伝染性と再感染のリスクのため、この高度に変異した変異株をVOCに指定しました。2021年12月から2022年1月の間に、SARS-CoV-2 PCR陽性サンプルの全ゲノム配列決定と分析が行われました。検出された133のオミクロン変異株から、GISAIDから入手したインドのオミクロンの完全なゲノム1586個と関連付けてゲノム分析が行われました。インドのオミクロン変異株の有病率は、ほとんどの大都市で3か月以内に対数的に増加しました。入手可能な限られた配列データでは、2021年11月から2022年1月までインドで優勢だったのはBA.1亜系統であることが判明しました。さらに、BA.2亜系統の最初の配列は、2021年12月中旬にデリーから提出されました。観察された2つの発生はBA.2変異体によるもので、短期間で複数の都市に広がったことがわかりました。オミクロンの発生サンプルにおける急速な拡散と特定の変異は、この変異体が以前の変異体と比較して非常に伝染性が高いことを示しています。この研究は、クラスターの出現を特定し、さらなる拡散を防ぐための措置を講じるためにゲノム配列が重要であることを示しています。