ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

R と Bioconductor を使用したハイスループットゲノムデータの可視化

ルチ・ヤダフとプラチ・スリヴァスタヴァ

DNA マイクロアレイは、特定の細胞または組織で多数の遺伝子の mRNA レベルを同時に測定する技術です。分子生物学におけるマイクロアレイは、何らかの結論につながる生物学的情報を抽出するために厳密な計算分析を必要とする膨大なデータセットをもたらします。マイクロアレイ チップの印刷からハイブリダイゼーションおよびスキャン プロセスまで、データの品質にばらつきが生じ、実際の情報が失われたり、過剰に表現されたりします。計算分析は、マイクロアレイ結果に埋め込まれた生物学的情報の処理、および生物学的解釈のために異なる条件の異なるサンプルから得られた遺伝子発現結果を比較することに関連して重要な役割を果たします。基本的でありながら困難なタスクは、マイクロアレイ遺伝子発現データの品質管理と視覚化です。マイクロアレイ分析用の最も人気のあるプラットフォームの 1 つは、R プログラミング言語に基づく、ゲノム データの分析と理解のためのオープン ソースおよびオープン開発ソフトウェア プロジェクトである Bioconductor です。この論文では、GEO データベース GSE53890 のデータを使用して Affymetrix Gene チップの品質評価を実施するための具体的な手順について説明し、詳細な分析のための視覚化プロットを参照しながらバイオコンダクターの品質管理パッケージについて説明します。この論文は、科学的解釈とともに、Affymetrix チップの品質管理分析のためのマイクロアレイ分析に取り組んでいるすべての研究者に役立ちます。