ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

RNA-Seq データの視覚的マイニング手法: データ構造、分散推定、有意性検定

テンフェイ・イン、マフブブル・マジュムダー、ニラドリ・ロイ・チョードリー、ダイアン・クック、ランディ・シューメーカー、ミシェル・グラハム

大豆の RNA-Seq データの分析では、あるソフトウェア パッケージを使用した最初の有意性検定で、別のソフトウェア パッケージで生成されたものとはまったく異なる遺伝子リストが生成されました。なぜこのようなことが起こるのでしょうか。この論文では、結果間の相違がどのように調査され、説明できるかを示します。この種の矛盾は、ハイスループット分析でより一般的に発生する可能性があります。モデルの適合と仮説検定を調査するために、分散推定が分散および差次的発現検定の全体的な推定に与える影響を調査できるインタラクティブ グラフィックを実装しました。さらに、生物学的データに構造が存在するかどうかをテストする新しい手順を提案します。