薬理ゲノミクスと薬理プロテオミクスのジャーナル

概要

NGS-HERC解析のためのDNA分離法の検証

ヴァニャ・ラシュチャネツ

背景-目的: 腫瘍学における次世代シーケンシング (NGS) は、信頼性の高い NGS 結果を得て、その後正確なデータ分析を行うために、高品質の開始サンプル材料から始まります。ここでは、DNA の収量がリンパ球数と相関する、同じサンプルからの DNA 分離の 3 つの異なる方法のメーカーデータについて簡単に検証します。方法: 全血サンプルは、Illumina MiSeq プラットフォームでの NGS 遺伝性癌パネル (HERC) 検査のために紹介された患者から EDTA チューブに収集されました。30 人の患者の数を提供しました。リンパ球数は Sysmex XN-1000 分析装置で測定しました。DNA は、Qiagen キット QiaAmp DNA Blood Mini Kit を使用して 200 µL の全血またはバフィーコートから分離し、また QIAcube で全血からも分離しました。濃度は NanoDrop™ Lite 分光光度計と Qubit4 で測定しました。結果: 得られた結果に基づいて、腫瘍学患者の NGS 分析に最適な DNA 分離方法を使用するプロトコルを確立しました。 3つの異なる開始サンプルと方法のDNA濃度を比較しました。リンパ球数が1.0 x 109/Lより少ない場合、最適なサンプルはバフィーコートとQiaAmp法です。リンパ球数が1.0～2.5x109/Lの場合、最適なサンプルは全血とQiaAmp法です。リンパ球数が2.5x109/Lより高い場合は、QIAcube分離処理を行って、高品質のDNAと、その後のNGS分析に十分な最小30 ng/µlのDNA濃度を得ることができます。結論：腫瘍学患者のリンパ球数が少ない可能性があることを考慮して、NGS分析に有効なDNAサンプルを確保するために、異なる開始サンプルと方法を使用してDNA分離の最適なプロトコルを開発しました。