ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

2D分布上のゲノムの対称性を検出するためのバリアントマップ構築

Jeffrey Zheng、Weiqiong Zhang、Jin Luo3、Wei Zhou1、Veronica Liesaputra

可視化手法はヒトゲノムプロジェクトで重要な役割を果たしてきました。ENCODE などの他の国際プロジェクトでさらに開発が進められ、多数のゲノムデータベースが構築され、ゲノム全体の遺伝子発現の大量測定が開発されました。現状では、計算細胞生物学の目標を、シーケンシャルデータの収集から、より高レベルの解釈とゲノムの効率的なコンテンツベースの検索メカニズムの探索に移行する必要があります。哺乳類のゲノムは、数千の大きな非コード RNA (lncRNA) をコードしており、その多くは遺伝子発現を制御し、クロマチン制御複合体と相互作用し、これらの複合体をゲノム全体の標的遺伝子座に局在させる役割を果たしていると考えられています。高次元の可視化ツールを使用すると、それらの複雑な相互作用特性をさまざまな視覚マップとして整理できます。この論文では、DNA または RNA 表現と同じ 4 つのメタシンボルを使用する複数のマップを適用するための新しいスキームとして、バリアントマップ構築 VMC を体系的に提案しています。VMC の主要コンポーネントのシステムアーキテクチャとコアメカニズムについて説明します。主要なモジュール、関連する方程式、およびそれらの I/O パラメータについて説明します。 VMC システムを使用して、複数の実際のシーケンスの 2 つの DNA データ セットをテストし、2D マップ内の関連する DNA シーケンス間の高レベルの固有の関係における可視特性を示します。 視覚的な結果を簡単に分析して、バリアント マップ構築の 2D マップ下で関連するゲノム シーケンス上の固有の特性と対称特性を調べます。 サンプル 2D マップのセットが含まれており、さまざまな制御可能な環境での特性が示されています。