スコット・フォイとジェラルド・ワイコフ
動機: Universal True SDSA (構造依存配列アライメント)、または UniTS プログラムは、複数の重ね合わせたタンパク質 3 次元構造から得られる最も可能性の高いアミノ酸配列アライメントを計算します。さらに、この新しく生成された SDSA を利用して、UniTS は重ね合わせたタンパク質構造の改良された品質評価スコア (RMSD など) を計算します。原子の近接性を利用してアライメントされたタンパク質 3 次元構造からアミノ酸配列アライメントを導出する他のアルゴリズムも開発されていますが、これらのいずれも複数の残基の一致を適切に管理せず、残基の誤った順序付けを防ぎ、構造的に保存されていない領域を順番にアライメントしません。UniTS は、残基プロファイル ベースの SDSA プログラムと構造アライメント プログラムに固有の弱点を補います。スレッド化および相同性モデリングの前身として利用される残基プロファイル ベースの SDSA プログラムとは異なり、UniTS は真に構造に依存します。結果: ここで示した結果は、UniTS が構造アライメント プログラムから得られる部分的な配列アライメントと比較して、完全なタンパク質のユニバーサル配列アライメントを計算することを示しています。さらに、これらの結果は、UniTSが重ね合わせプログラムに入力された配列アラインメントを改良し、この改良されたアラインメントを利用して構造品質評価スコアを向上させる能力を実証しています。最後に、品質スコア生成能力は