生物学と医学

概要

配列パラメータ値が系統発生の精度に与える影響

バクティ ドゥウィヴェディ、*スディンドラ R ガダカール

進化の研究には、正確に推定された系統樹が重要です。推定された樹木の精度に影響を与える要因は、系統樹の推定に至るいくつかの連続したステップにまでさかのぼることができます。ここでは、配列アラインメントのプロセス中または推定方法の選択 (通常行われる) 中のエラー源ではなく、アラインメント内のヌクレオチド配列のいくつかの特徴が系統 (位相) の精度に与える影響を調べました。具体的には、次の 5 つのパラメーターの値を個別または組み合わせて変更した場合の影響を (コンピューター シミュレーションを使用して) 調べました。配列長 (l)、ヌクレオチド置換率 (r)、ヌクレオチド塩基組成 (?)、遷移-転座率比 (?)、およびサイト間の置換率の不均一性 (?)。興味深く、予想外の結果は、? が系統の精度と強い正の相関関係にあり、特に置換率が高い場合にその傾向が顕著であることです。このシミュレーションに基づく研究は、この分野の実証研究者にとって意味のあるものであり、研究対象の系統発生をより正確に推測するために、現在一般的に利用可能な複数の遺伝子の中から選択できるようになるはずです。