ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

桑のミトコンドリアゲノム配列変異と系統解析

Guo Liangliang、Shi Yisu、Wu Mengmeng、Michael Ackah、Qiang Lin、Weiguo Zhao*

背景:桑は経済的に重要な作物であり、さまざまな環境条件に耐性があります。この植物 (葉) はカイコの餌として、また造園に使用され、高い開発見込みと科学的研究価値を有しています。ミトコンドリアは、生命活動を実行するために必要なエネルギーを生成する植物の発電所です。

目的:植物のミトコンドリア (mt) ゲノムは、植物の生命活動に必要なエネルギーを生成する発電所として機能します。しかし、クワのミトコンドリア (mt) ゲノムはまだ調査されていません。この研究では、Morus L ( M. atropurpureaおよびM. multicaulis ) の mt ゲノムを調査し、他の植物種と比較しました。

方法:オックスフォードナノポアプロメトイオンを使用して、 Morus L ( M. atropurpureaおよびM. multicaulis )のミトコンドリアゲノムを配列決定し、データを集約して分析し、他の植物のミトコンドリアゲノムと比較しました。系統発生解析は、研究対象の桑の植物の進化状態を研究するために実施されました。

結果: M. multicaulisの環状 mt ゲノムの長さは 361,546 bp で、31 個のタンパク質コード遺伝子、20 個の tRNA 遺伝子、3 個の rRNA 遺伝子を含む 54 個の遺伝子から成り、構成は A (27.38%)、T (27.20%)、C (22.63%)、G (22.79%) です。一方、M. atropurpureaの環状 mt ゲノムの長さは 395,412 bp で、C+G (45.50%) で構成され、2 個の rRNA 遺伝子、22 個の tRNA 遺伝子、32 個の PCG を含む 57 個の機能遺伝子から成ります。M. multicaulisとM. atropurpurea のmt ゲノムには、配列反復、RNA 編集遺伝子、cp から mt への移行が存在します。

クワと他の 28 種の完全な mt ゲノムに基づく系統発生解析は、正確な進化的および分類学的状態を反映しています。

結論:クワ属 mt ゲノムは環状で、M. multicaulisの長さは 361,546 bp であることがわかりました。54 個の遺伝子には、31 個のタンパク質コード遺伝子、20 個の tRNA 遺伝子、3 個の rRNA 遺伝子が含まれています。また、 M. atropurpureaの長さは 395,412 bp であることがわかりました。さらに、ゲノムには 32 個のタンパク質コード遺伝子、22 個の tRNA 遺伝子、3 個の rRNA 遺伝子を含む合計 57 個の遺伝子が注釈付けされています。この結果は、クワ属mt ゲノムの包括的な理解をもたらし、将来の研究やクワの品種の育種に役立つ可能性があります。