薬理ゲノミクスと薬理プロテオミクスのジャーナル

概要

Methanopyrus kandleri AV19の完全ゲノムにおけるセレノシステイン tRNA の抑制変異体

Uttam Roymandal、Shib Sankar Das、Riya Rakshit、Satyabrata Sahoo4*

古細菌では、これまでの研究で、複数のイントロンを含む tRNA と分割 tRNA が存在することが明らかになっています。古細菌にはさまざまな種類の破壊された tRNA 遺伝子が存在するため、古細菌の tRNA 遺伝子を完全に削除せずに解析することは、バイオインフォマティクスの分野では依然として困難な作業です。ここでは、tRNA の半分をコードする広く離れた遺伝子を検索して、失われた tRNA の抑制バリアントを生成する計算方法を提案しました。ゲノム全体で広く離れた分割 tRNA 遺伝子の存在を考慮して、クローバーリーフ予測とスプライス サイトにおけるバルジ ヘリックスバルジ二次構造の正確なコンピューターによる決定に基づいて、分割仮説に一致する tRNA の保存された末端 5' および 3' モチーフの両方を検索することにより、そのような分離された tRNA 遺伝子を予測するtRNA検索アルゴリズムを開発しました。欠損した tRNA 遺伝子を包括的に検索した結果、Methanopyrus kandleri AV19 に挿入されていることが判明したセレノシステイン tRNA の新しい変異体を特徴付けました。M . kandleri AV19の完全なゲノム配列の解析により、UGA を解読してセレノシステイン (Sec) を読み取る非コード RNA の転写の複数のモードが明らかになり、破壊された tRNA 遺伝子 002E のさらなる研究が示唆されました。