ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

髄膜炎大腸菌K1の推定デヒドロリポアミド脱水素酵素であるCglEのFAD結合ドメインの構造特性

王一明と曹洪

デヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼ (DLDH) である E. coli K1 CglE の FAD 結合ドメインの構造的特徴を相同性モデリングによって明らかにする。E. coli K1 の CglE および他の DLDH の FAD 結合ドメインの a サブユニットと N 末端残基 1-70 の配列類似性は、CglE の FAD 結合ドメインの設計の基礎となった。CglE の相同性モデリングに適する単一のテンプレートが見つからなかったため、マルチテンプレート モデリング用のオンライン相同性モデリング手順によって 2 つのテンプレート (PDB コード 2q7vA および 1jehA) が得られた。高品質のターゲット タンパク質を得るために、計算バイオインフォマティクス ソフトウェア Accelrys Discovery Studio クライアント 2.5 といくつかの自動化オンライン サーバーが利用された。アラインメントの同一性が比較的低いため、相同性モデルの改善を試みる際に 2 つのテンプレートが考慮された。改良されたモデルの品質は、MD シミュレーション、エネルギー最小化、ラマチャンドラン プロット、その他の測定を含む幾何学的側面とエネルギー的側面の両方に基づいて評価されました。