植物病理学および微生物学ジャーナル

概要

ループ介在等温増幅法によるクレブシエラ・バリコラとK.オキシトカの特異的検出

ジャレッド・ヤスハラ＝ベル、ケイレブ・アイン、エイプリル・ハタダ、ヨンフン・ユ、ロバート・L・シュラブ、アン・M・アルバレス

Klebsiella spp. は、臨床分離株、獣医分離株および植物関連分離株を持つ日和見病原体です。以前の研究では、グアムのひどく衰退したアイアンウッドの湿材から採取した細菌滲出液に、Ralstonia solanacearum、Klebsiella variicola、およびK. oxytocaが含まれていることが示されました。この研究では、ループ介在等温増幅（LAMP）により、各生物に対して個別に設計された独自のプライマーセットを使用して、K. variicolaとK. oxytocaを特異的に検出しました。各LAMPは標的を特異的に検出し、非標的細菌およびネガティブコントロールについては陰性の結果を示しました。LAMPは、接種したアイアンウッドの幹組織と細菌滲出液でKlebsiellaを検出しました。植物阻害物質の存在のため、さまざまなサンプリングプロトコルがテストされました。植物組織サンプルを浸して細菌を溶液に拡散させ、その後煮沸することで、植物サンプルから直接Klebsiellaを検出するのに最適でした。粉砕した植物サンプルを使用した場合に得られる偽陰性は、培養と 12 時間の培養を含む濃縮ステップを含めることで排除されました。DGGE (変性勾配ゲル電気泳動) およびクレブシエラ特異的抗体を使用したコロニーブロット免疫測定法でも、接種したアイアンウッドでクレブシエラが検出されました。近縁の腸内細菌からの DGGE バンドおよび抗体交差反応は、偽陽性結果の可能性を示しました。LAMP はその性質上、ポイントオブケア検査に最適であり、本研究で開発された LAMP プライマーの特異性と組み合わせると、グアムのアイアンウッドにおけるクレブシエラの日常的なフィールド検査、ならびにクレブシエラ感染の臨床および獣医診断としての可能性が実証されます。さらに、本研究で検出対象とした領域は、あらゆる形式の分子ベース診断に応用できます。