ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

SlopMap: 正確な K-Mer マッチングを使用して類似配列を迅速かつ柔軟に識別するためのソフトウェア アプリケーション ツール

イリヤ・Y・ズバンニコフ、サミュエル・S・ハンター、マシュー・L・セトルズ、ジェームズ・A・フォスター

次世代 (NG) シーケンシングの登場により、ゲノム全体を迅速かつ安価にシーケンシングすることが可能になりました。ただし、トランスクリプトーム研究、ミトコンドリアゲノムのシーケンシング、またはエクソームの特性評価など、一部の実験では、シーケンスリードの一部を抽出してアセンブリするだけで済みます。完全なゲノムの生の DNA ライブラリを使用すると、関心のあるリードを特定するのは簡単な問題に思えます。ただし、BLAST、BLAT、Bowtie、SOAP などのよく知られたツールを、アセンブリ段階の前にバイオインフォマティクス パイプラインに直接組み込むことは、アセンブラのファイル入力との非互換性のため、または個別に抽出する必要がある情報を組み込むことが望ましいため、必ずしも簡単ではありません。たとえば、Roche 454 シーケンサーからのフローグラムを Newbler アセンブラに組み込むには、最初に元の SFF ファイルからフローグラムを抽出する必要があります。弊社では、Roche 454 または Illumnia DNA ライブラリから提供されたターゲット シーケンスに類似した迅速な識別を可能にするバイオインフォマティクス ソフトウェア ユーティリティである SlopMap を紹介します。シンプルで直感的なコマンド ライン インターフェイスと、アセンブリ プログラムと互換性のあるファイル出力形式により、SlopMap は追加のプログラミング作業なしで生物学的データ処理パイプラインに直接組み込むことができます。さらに、SlopMap は Roche 454 アセンブラに必要なフローグラム情報を保存します。