ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

構造モデルを用いた C2H2-ZF ドメインの DNA 結合優先度の予測について: ヒト CTCF への応用

アルベルト メセゲル、ルーベン モリーナ フェルナンデス、ナルシス フェルナンデス フエンテス、オリオール フォーネス*、バルド オリバ*

「構造モデルを用いた C2H2-ZF ドメインの DNA 結合優先度の予測について：ヒト CTCF への応用」と題する研究では、Cis2-His2 ジンクフィンガー (C2H2-ZF) タンパク質ドメインの DNA 結合優先度をアミノ酸配列または構造から予測する新しい計算方法を紹介します。この方法では、タンパク質-DNA 複合体の構造を使用して、一連の知識ベースの統計的ポテンシャルを計算します。構造が既知のタンパク質-DNA 複合体の数が少ないため、170,000 を超える配列設計された C2H2-ZF ドメインの実験的な酵母ワンハイブリッド相互作用で構造セットを補完します。このファミリーの任意のタンパク質-DNA 複合体の構造をモデル化し、統計的ポテンシャルで計算された相互作用の最高スコアに基づいて理論的な位置重みマトリックスを導出するサーバーを実装しました。このアプローチは検証されており、CTCF のヒト配列に適用されています。