微生物および生化学技術ジャーナル

概要

臨床微生物学の最新技術、全ゲノムシークエンシング（WGS）とマトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析（MALDI-TOF MS）

Y・ジョンスク

近年の臨床微生物学の分野で最もホットな問題は、次世代シーケンシングの方法論による全ゲノムシーケンシング（WGS）の臨床診断および治療への応用です。WGSの応用には、種の同定、疫学的研究、抗菌薬耐性の研究などが含まれます。一塩基多型（SNP）に基づく分析は、顕著な識別力によって種の同定の精度と感度を高め、伝播過程を追跡する能力は、アウトブレイクを含む感染制御を可能にします。私たちは、広域スペクトルベータラクタマーゼまたはカルバペネマーゼの抗菌薬耐性メカニズムを明らかにし、可動性ゲノムアイランドの水平伝播のメカニズムを解明することができます。新しいPCR法を設定する場合、WGSデータベースを使用してターゲットとプライマーを選択できます。MALDI-TOF法は、細菌、真菌、結核菌の種を同定するためにほぼすべての研究室で使用されています。菌血症患者では血液培養ボトル内で直接同定が可能で、ベータラクタマーゼやカルバペネマーゼを検出できます。また、志賀毒素大腸菌、サルモネラ血清型、クロストリジウム・ディフィシルリボ型にも適用できます。