ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

遺伝子長のソート性の最大化に基づく原核生物ゲノムのランキング

ボリショイ A、サリフ B、コーエン イ、タタリノワ T

遺伝子の長さの変化（一部の遺伝子は前の遺伝子よりも長くなり、他の遺伝子は短くなり、これらの遺伝子群のサイズは生物ごとにランダムに異なります）が生物の進化と適応にどのように依存するかは、まだ未解決の問題です。私たちは、遺伝子の長さに応じてゲノムをランク付けし、ゲノムランクと成長温度、ヌクレオチド組成、病原性などのさまざまな特性との関連性を見つけることを提案します。このアプローチは、進化の駆動要因を明らかにします。この研究の主な目的は、いくつかのランク付け方法の有効性と堅牢性をテストすることです。選択された評価方法は、データの全体的なソート度の測定です。私たちは、検討したすべての方法で一貫した結果が得られ、バブルソートとシミュレーテッドアニーリングが最高のソート度を達成することを実証しました。また、バブルソートはシミュレーテッドアニーリング法よりもかなり高速です。