ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

保存的グレードと近似グレードを使用したタンパク質機能部位の予測

近藤洋介氏、宮崎悟氏*

これまで、タンパク質の重要な部位を予測するために、多くの計算方法が開発されてきました。ビッグデータの時代では、構造データに配列データを統合することで、既存の方法の改善と高度化が必要です。本論文では、配列ベースの方法の改善と、配列データと構造データの両方を使用する新しい方法の開発という2つのことを目指しています。そのため、私たちは、与えられた複数の配列アライメントから計算された保存グレードと近似グレードを定義し、3次元構造を使用してタンパク質-イオン、タンパク質-リガンド、タンパク質-核酸、タンパク質-タンパク質相互作用の観点から予測された活性部位を評価する、独自に改良された進化トレース法を開発しました。言い換えれば、近似グレードはアミノ酸残基も評価できます。この方法を翻訳伸長因子Tu/1Aタンパク質に適用したところ、保存グレードは近似グレードによって正確に評価されることが示されました。その結果、私たちのアイデアには2つの利点がありました。1つは、評価のためにさまざまな共結晶構造を考慮できることです。もう 1 つは、与えられた保守的なグレードと近似グレード間の適合度を計算することで、最適な保守的なグレードを選択できることです。