ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

PICRUSt2 と Piphillin パイプラインを使用したインドの天然発酵乳製品における細菌の予測機能

H. ナキバファー・ジョーンズ・シャンプリアン、ジョティ・プラカシュ・タマン*

天然発酵乳（NFM）製品は、インドのシッキム州とアルナーチャル・プラデーシュ州で人気の料理です。インドのこれらのNFM製品に含まれる細菌群集は、ハイスループットシーケンス法によって以前に分析されました。しかし、インドのNFM製品の予測遺伝子機能は研究されていませんでした。この研究では、シッキム州とアルナーチャル・プラデーシュ州のNFM製品の生のシーケンスをMG-RAST / NCBIデータベースサーバーからアクセスしました。PICRUSt2およびPiphillinツールを微生物の機能遺伝子予測の研究に適用しました。PICRUSt2とPiphillinの両方からのMUSiCC正規化KOとマップされたKEGGパスウェイは、後者と比較して前者の割合が高くなりました。両方のパイプラインから機能的特徴を比較しましたが、予測には大きな違いがありました。したがって、両方のアルゴリズムを統合したプレゼンテーションは、インドのNFM製品の微生物叢に関連する予測機能プロファイルの全体的な見通しを示しました。