生物学と医学

概要

ユビキチン結合酵素（E2）の系統樹再構築

ムハンマド・カーン、カイザー・ジャミル

過去数年間、遺伝子順序データからの系統発生再構築は生物学者やコンピュータ科学者から多くの注目を集めてきました。ユビキチンは真核生物に広く存在し、細胞内の選択的 ATP 依存性タンパク質分解において極めて重要な役割を果たしています。また、いくつかの種類の癌で高度に発現しています。したがって、真核生物におけるユビキチンの多様化を理解するために、さまざまな計算方法を使用して系統発生を決定するこの研究に着手しました。ユビキチン結合酵素のすべての配列はタンパク質データバンク (PDB) から抽出され、PHYML に実装されている MaximumLikelihood 法を使用して、根なし系統樹が構築されました。この樹には、4 つの主要なクラスターと 1 つのミニ クラスターがありました。タンパク質配列の進化における機能的重要性の部位特異的な変化から、遺伝子のクラスターの分岐を計算しました。次に、RASMOL を使用して、PDB データバンク (IL7K) から取得した ube2c タンパク質の 3D 構造に分岐をマッピングしました。この研究から、E2 の活発な進化が起こっている正確な場所を指摘することができ、これらの場所は強力な浄化選択の対象になっていることが明らかになったと結論付けています。このタンパク質の変異は腫瘍の進行を促進する可能性が高いという報告があるため、この情報は腫瘍形成において何らかの有用な意味を持つと期待しています。