ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

PGR: タンパク質の 3D 構造の新しいグラフ リポジトリ

ワジディ・ディフリとアブドゥライ・バニレ・ディアロ*

グラフ理論とグラフマイニングは、グラフの構造、トポロジー、および特性を研究するための計算技術の豊富な分野を構成します。生物学的データをグラフに変換する効率的な方法が存在する場合、これらの技術はバイオインフォマティクスの優れた資産となります。この論文では、タンパク質グラフリポジトリ (PGR) を紹介します。これは、グラフに変換されたタンパク質 3D 構造の新しいデータベースであり、タンパク質マイニングでグラフ理論技術の大規模なレパートリーを利用できるようにします。このリポジトリには、タンパク質データバンク (PDB) で説明されている現在知られているすべてのタンパク質 3D 構造のグラフ表現が含まれています。PGR は、タンパク質 3D 構造をグラフに変換する効率的なオンラインコンバータ、生物学的およびグラフベースの説明、事前に計算されたタンパク質グラフの属性と統計、各タンパク質グラフの視覚化、およびグラフベースのタンパク質類似性検索ツールも提供します。このようなリポジトリは、既存のオンラインデータベースを充実させ、グラフマイニングとタンパク質構造分析の間のギャップを埋めるのに役立ちます。PGR のデータと機能は独自のものであり、他のタンパク質データベースには含まれていません。リポジトリはhttp://wjdi.bioinfo.uqam.ca/で利用可能です。