ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

ヒト単純ヘルペスウイルスの三重鎖カプシドタンパク質の配列類似性に関する NW アルゴリズムと ANFIS モデリング

ヴィパン クマール ソーパル、アプルバ デイ、アマルパル シン

ヒト単純ヘルペスウイルス (HHV) の三本鎖カプシドタンパク質の最適な配列類似性は、複雑なバイオインフォマティクスの問題であり、アラインメント アルゴリズム、置換マトリックス、ギャップ ペナルティ、ギャップ拡張によって制御されます。アラインメント類似性を最適化するには、変異マトリックスを正確に選択し、類似性検索に必要な適切な計算アプローチを採用する必要があります。本論文では、適応型ニューロ ファジー推論システム (ANFIS) アプローチを使用して、PAM および Blosum 置換マトリックスのアラインメント類似性をモデル化およびシミュレートします。HHV-I および HHV-II の変異マトリックスと配列は、モデルの入力パラメーターとして使用されました。このモデルは、ファジー推論、人工ニューラル ネットワーク、およびファジー ルール セットの組み合わせであり、NW アルゴリズムを使用した計算分析から直接開発されました。提案されたモデリング アプローチは、特定の条件下での計算分析によって得られた実際の観測結果と予想される結果を比較することによって検証されます。ANFIS テストの適用により、提案されたモデルによって予測された置換マトリックスは、有意水準 0.5% で実験値と完全に一致することが示されました。