細菌学および寄生虫学ジャーナル

概要

微生物比較ゲノミクス：コリネバクテリウム属に関するツールと知見の概要

アムジャド・アリ、シオマール・C・ソアレス、エウデス・バルボサ、アンダーソン・R・サントス、デブマリア・バー、サイダ・M・バクティアル、サイド・S・ハッサン、デビッド・W・ウッセリー、アルトゥール・シルバ、アンダーソン・ミヨシ、バスコ・アゼベド

次世代シーケンシング（NGS）により、限られた時間と最小限のコストで、病原性があり商業的に重要な生物の全ゲノム配列を提供することが可能になりました。私たちは毎日何千もの生物の配列を解析していますが、その後の知識はまだ非常に限られているため、計算による比較ゲノミクスは不可欠です。しかし、単一ゲノムからのゲノム情報では、種のライフスタイルに関する洞察や遺伝子プールの広範な見解を提供するには不十分です。複数のゲノムがあれば、生物の関連性や変異に関する理解を深めることができます。したがって、比較ゲノム解析は、種内のオーソログ遺伝子、特定の遺伝子の有無、進化シグナル、
病原性に関連する候補領域を特定するための強力なツールであり続けています。さらに、パンゲノム戦略は、サブトラクティブゲノミクスとともに、種内および種間の関係、保存されたコア、およびパンゲノムを明らかにし、毒性因子、薬物ターゲット、ワクチン候補を特徴付けるのに役立ちます。この記事では、微生物の比較ゲノミクスの前提条件である、シーケンス技術、アライメント ツール、注釈パイプライン、データベースとリソース、視覚化と比較ゲノム ツール、および戦略の概要を示します。最後に、コリネバクテリウム属の比較ゲノムおよび機能分析に基づく洞察と最近の研究結果を紹介します。