ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

mBLAST: (メタ)ゲノム解析のためのシーケンシングの爆発的増加に対応

カーティス・デイヴィス、カーティク・コタ、ヴェンカット・バルダンダパニ、ウェイ・ゴン、サハール・アブバッカー、エリック・ベッカー、ジョン・マーティン、クリスティン・M・ワイリー、ラディカ・ケタニ、マシュー・E・ハドソン、ジョージ・M・ワインストック・ワインストック、マケドンカ・ミトレヴァ

次世代シーケンシング技術の最近の進歩には、データ生成の増大に対応できるアラインメント アルゴリズムとソフトウェアが必要です。標準アルゴリズム、特にタンパク質類似性検索は、分析パイプラインの大きなボトルネックとなります。特にメタゲノム アプローチでは、現在では大規模なデータベースに対して数億のシーケンス リードを検索する必要がある場合が多くあります。ここでは、BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) に基づいて、BLAST の高い感度を維持しながら、大規模なデータセットに対して翻訳および/またはタンパク質アラインメントを行う高速検索アルゴリズムである mBLAST について説明します。mBLAST アルゴリズムは、大規模なデータセットに対して国立生物工学情報センター (NCBI) のプログラム BLASTX、TBLASTX、および BLASTP を大幅に高速化し、標準的なコンピューター アーキテクチャで妥当な時間枠内で分析できるようにします。この記事では、ヒト マイクロバイオーム プロジェクトの健康なヒトの微生物叢に由来するシーケンスを使用して、mBLAST の影響を示します。mBLAST は、短い読み取りシーケンスが含まれ、ハイスループット分析を含むあらゆる研究のための BLAST のプラグイン代替として設計されています。 mBLAST ソフトウェアは、www.multicorewareinc.com から学術ユーザーに無料で提供されます。