ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

Kddプロセスにおけるインタラクティブネットワーク探索、トウモロコシフィジーウイルスの個体群変動の研究への貢献

マリオ・アレハンドロ・ガルシア、マリア・デ・ラ・パス・ヒメネス・ペッチ、フアン・バウティスタ・カブラル、アドリアン・ニエト・カスティージョ、イルマ・グラシエラ・ラグーナ

同じ種の個体の遺伝的変異性は、個体間の遺伝的距離を表すネットワークを通じて研究できます。私たちは、マル・デ・リオ・クアルトウイルス (MRCV) の事例を研究し、異なる個体のゲノムプロファイル間の距離の尺度を定義し、ハプロタイプのネットワークを作成しました。ネットワークの位相特性が分析され、これは空間時間環境を形成する 2 次元で調査されました。調査の結果、テストされた最初の作物年には、ハプロタイプの数とハプロ​​タイプの間の距離がその後の作物よりも大きいことが観察されました。各環境の変異性指標が計算され、その期待値と比較されました。調査中に行われた観察を確認し、1996 ～ 97 年の作物年に流行が発生した後、ウイルスの変異性が減少したと結論付けました。ハプロタイプ ネットワークによる MRCV の変異性の分析を示します。私たちは、KDD プロセスでは珍しいこのツールの使用を提案します。これは、知識表現、構造化データ モデリング、視覚化、探索、インタラクティブな発見の概念を取り入れた新しいアプローチをもたらします。
この事例が KDD プロセスにもたらした主な貢献は、ネットワークのインタラクティブな探索を提案したことです。これは直感的で分析に簡単に適用できることがわかりました。