ファビオラ・マルケス・デ・カルヴァーリョ、レアンドロ・ナシメント・レモス、ルシアン・プリオリ・チアピナ、レナン・ガルシアス・モレイラ、アレクサンドラ・ガーバー、アナ・パウラ・C・ギマランイス、タチアーニ・フェレゲッティ、ヴィルジニア・アントゥネス・デ・アンドラーデ・ザンベリ、レナタ・アビラ、タイラ・ベルナルド・デ・アルメイダ、ジェイムソン・ダ・シルヴァ・リマ、シャナプリシラ・C・バローゾ、マウロ・マルティンス・テイシェイラ、レナン・ペドラ・ソウザ、シンシア・チェスター・カルドーソ、レナト・サンタナ・アギア、アナ・テレザ・R・デ・ヴァスコンセロス*
目的:細菌および真菌による二次感染は、呼吸器ウイルス感染および侵襲的人工呼吸器に関連しています。集中治療室 (ICU) に入院した患者における COVID-19 の重症度に対するマイクロバイオームの影響は、まだ十分に解明されていません。本研究では、ブラジルの COVID-19 患者の肺微生物叢について説明し、微生物病原体がコロナウイルス病 2019 の臨床転帰にどのように寄与するかを調査しました。
方法:ブラジルのCOVID-19患者21名から気管支肺胞洗浄液の全DNAを抽出した。患者は全員RT-PCR陽性で、ブラジルの2つのセンターの集中治療室に入院した。メタゲノム解析では、シーケンスされたリードをバイオインフォマティクスツールに送信し、分類学的および機能的推論を行った。
結果：肺に蔓延している細菌として呼吸器系、院内感染性、日和見感染性の病原体を特定し、ICUのCOVID-19患者にディスバイオシス（微生物の不均衡）プロセスがあることを示唆した。微生物の機能解析により、バイオフィルム生成、毒素の分泌、莢膜多糖類、鉄獲得など、毒性レパートリーに関連する代謝経路が示された。微生物病原体とその毒性メカニズムは宿主の免疫応答と関連しており、細菌種がCOVID-19の悪化にどのように関与するかを示唆する細胞モデルが提示された。
結論:肺に存在する微生物種が、集中治療室に入院した患者の免疫プロセスをどのように調節し、悪化させ、COVID-19 の重症化に寄与する可能性があるかを調査しました。