ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

Cajanus Cajanおよびその他のマメ科植物における PPR 遺伝子ファミリーの洞察

パランプリート・カウル、モヒト・ヴェルマ、パヴァン・K・チャドゥブラ、スワティ・サクセナ、ニキータ・バリヤン、アリム・ジュナイド、アジャイ・K・マハト、ナゲンドラ・クマール・シン、キショール・ガイクワッド*

PPR タンパク質は、陸上植物では数百のメンバーから構成され、オルガネラ転写産物の安定化、RNA 編集から CMS ラインの稔性回復に至るまで、オルガネラゲノムにおける魅力的な一連の機能を制御します。いくつかのマメ科植物種のゲノム配列が利用可能であるにもかかわらず、PPR 遺伝子ファミリーのメンバーの包括的なカタログ化は実行されていません。現在の研究では、Cajanus、Glycine、Phaseolus、Medicago、Vigna、Cicer ゲノムでそれぞれ 523、830、534、816、441、677 の PPR タンパク質を特定し、それらをさまざまなサブクラスに分類して局在を予測するために、完全な in silico 分類を実施しました。271 の Cajanus PPR 遺伝子の染色体座標が予測され、それらの相同遺伝子が他の 5 つのマメ科植物で特定され、広範なゲノム保全が明らかになりました。 6 種のマメ科植物すべての PPR 遺伝子をさらに調べ、タンパク質のクラスター化に基づいて稔性回復因子様 PPR (RFL) を特定し、既知の Rf-PPR 遺伝子との相同性検索を行った。70 個の RFL PPR 遺伝子 (P サブクラス) が特定され、系統発生解析によって精査された結果、種を超えてこれらの RFL に共通する広範な類似性と共通点が明らかになった。これらの RFL PPR の一部は、Glycine、Phaseolus、Vigna、Cicer ゲノムに小さなクラスターとして存在していた。この研究により、マメ科植物の PPR 遺伝子ファミリーに関する知識ベースが生成され、その分子機能、進化的関係、および Rf 遺伝子のクローニングを可能にするマーカーを特定する可能性について、将来的に調査する道が開かれた。