ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

デングウイルスを含むフラビウイルスゲノムの反復配列のImexベースの解析

チョーダリー・マシュフッド・アラム、アシフ・イクバル、バビタ・タダリ、サフダール・アリ

単純配列反復（SSR）はマイクロサテライトとも呼ばれ、1～6ヌクレオチドの反復モチーフで、原核生物、真核生物、ウイルスのコード領域と非コード領域にわたってさまざまな数の反復で存在します。本研究は、デングウイルスを含む27のフラビウイルスゲノムの単純配列反復（SSR）に焦点を当てています。SSRの観点から見た比較ウイルスゲノミクスは、多様性と新しい宿主への適応性を理解するのに役立ちます。研究された27のゲノムから、合計1164のSSRと53のcSSRが発見されました。モノヌクレオチドAは、平均分布が約6で最も一般的な反復モチーフでした。これに続いてG（平均分布2）が続きました。ジヌクレオチドの中では、AG/GA反復モチーフが最も一般的で、研究されたゲノム全体で平均分布が14でした。フラビウイルスのゲノムには、ゲノム進化の原因となる 2 つの重要な特徴、すなわちジヌクレオチド反復モチーフ AT/TA (最も少なく、平均分布は約 0.5) と非コード領域の cSSR が欠けており、これは安定したゲノムまたはこれまで説明されていないメカニズムによる進化を示唆しています。デングウイルスの分離株で保存された配列が明らかになったことにより、ウイルス診断用のバイオマーカー開発の基礎が示唆されます。