ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

トウモロコシにおける自然抵抗性関連マクロファージタンパク質 ( NRAMP ) 遺伝子ファミリーの乾燥ストレスに対する応答におけるin silico機能予測および発現解析

ゴラム・ラビー医師、モスタファ・カマル医師、サキブ・ハサン医師、モサッビル・ホサイン医師、ヌーマン・イスラム医師*

自然抵抗性関連マクロファージタンパク質（NRAMP）は、植物内で金属の恒常性を維持するための金属遷移輸送体として機能します。トウモロコシのNRAMPのゲノムワイドな同定と機能予測はまだ研究されていません。ゲノムワイド解析により、トウモロコシで分子量が29.08（ZmNRAMP2）～63.20（ZmNRAMP5 ）kDaの7つのタンパク質（ ZmNRAMP1 、ZmNRAMP2、ZmNRAMP3、ZmNRAMP4、ZmNRAMP5、ZmNRAMP6、ZmNRAMP7 ）が同定されました。ZmNRAMP1とZmNRAMP3を除くすべてのZmNRAMPは必須タンパク質（等電点が7より大きい）です。ZmNRAMPのイントロンの数は1～ 13で、トウモロコシとシロイヌナズナの系統群（AとB）間でほぼ一貫しています。すべてのタンパク質は、トウモロコシとシロイヌナズナのグループ間で一貫した複数のモチーフ（6～10）を示しました。また、膜貫通ドメイン、シス調節要素、染色体マッピング、遺伝子オントロジー注釈を実施し、重要な機能属性を明らかにしました。栄養組織と生殖組織でのZmNRAMP（ZmNRAMP1、ZmNRAMP2、およびZmNRAMP4）発現の大幅な増加は、重金属の吸収、輸送、および恒常性において重要な役割を果たしている可能性があります。干ばつストレスの間、トウモロコシの干ばつ耐性または順応において、cc（ZmNRAMP1、ZmNRAMP2、ZmNRAMP4、およびZmNRAMP7）の大幅な上方制御が役割を果たしている可能性があります。