微生物および生化学技術ジャーナル

概要

DNAバーコードによるトリコデルマ属菌の同定とセルロース分解活性のスクリーニング

アブデルメギド・I・ファーミ、ラガア・A・エイサ、ハリル・A・エル・ハルファウィ、ハナフィ・A・ハムザ、マフムード・S・ヘルワ

エジプトのナイル川デルタのさまざまな場所から採取したトリコデルマ分離株の種の同定を行い、セルロース分解活性を分析した。形態学的特徴に基づき、分離株の 75% が種レベルで同定され、4 つの集合グループに分けられた。トリコデルマ種は形態学的特徴が比較的少なく、変異も限られているため、分離株の重複や誤認が生じるため、形態学的特徴だけではトリコデルマ種を正確に同定するには不十分であった。そのため、形態学的特徴の限界を補うために分子技術を使用する必要があった。5.8S-ITS 領域の DNA 配列決定は、特定のプライマー ITS1 および ITS4 を使用して実施した。BLAST プログラムを使用して 5.8S-ITS 領域の配列を GenBank に登録されている配列と比較することにより、すべての分離株を少なくとも 99% の相同性パーセンテージで種レベルで同定できる。さらに、TrichOKEY 検索ツールを使用して Genbank の信頼性を評価し、その結果は BLAST の結果と 92% 一致しました。データは種の多様性が狭く、T. longibarchiatum と T. harzianum の 2 つの主要な種が優勢であることを示しました。分離株の ITS 領域のヌクレオチド分布および (G+C) 含有量は、種間の幅広い変動を示しました。最後に、分離株の総セルラーゼ活性はセルロース アズール法で、エキソグルカナーゼ活性はアビセル法で、エンドグルカナーゼ活性はカルボキシメチル セルロース (CMC) 法および酸膨潤セルロース法で評価しました。その結果、セルロース分解能力に使用した 28 の分離株の中から 11 の分離株が最良の分離株として選択されました。