ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

73 属の糞便細菌の 16S rDNA 介在配列における宿主特異的遺伝子マーカーの同定

Zhenyu Shen、Ning Zhang、Azlin Mustapha、Mengshi Lin、Dong Xu、Daiyong Deng、Mary Reed、Guolu Zheng

リボソーム介在配列 (IVS) は、最近、微生物源追跡 (MST) の遺伝子マーカーとして提案されました。この研究では、バイオインフォマティクスと次世代シーケンシング (NGS) のアプローチを使用して、73 属の主要な糞便細菌の 16S rDNA 内の IVS の宿主特異性を包括的に調査しました。13 種類の IVS が特定の宿主種と関連していることがコンピューターで特定され、Anaerovibrio、Bacteroides、Faecalibacterium、Mitsuokella、Peptostreptococcus、Phascolarctobacterium、および Subdoligranulum 属の細菌内で発見されました。13 種類の IVS の DNA 配列に基づいて、ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) アッセイが開発されました。標的および非標的宿主種の糞便 DNA サンプルを使用した PCR 増幅により、13 の IVS のうち 8 つがヒト、ニワトリ/七面鳥、肉牛/豚、または馬/豚/ヒトの糞便と高い関連性があることが実証されました。IVS 多型に基づき、NGS を適用して、複数の宿主種に関連する IVS から単一宿主関連 IVS を検索しました。その結果、肉牛に固有の新しいタイプの IVS が見つかり、牛および非牛の糞便サンプルを使用した PCR 増幅によって確認されました。この結果は、一部の IVS が MST の遺伝子マーカーとして使用でき、NGS が新しい宿主固有の遺伝子マーカーの特定に役立つ可能性があることを示唆しています。