薬理ゲノミクスと薬理プロテオミクスのジャーナル

概要

単一分子リアルタイムシークエンシングがミオトニックジストロフィー1型の予後と遺伝カウンセリングをどのように改善できるか

ステファニー・トメ

筋強直性ジストロフィー 1 型 (DM1) は、不安定な CTG リピートの拡大に​​よって生じ、通常、体細胞組織で世代を超えて時間の経過とともに増加します。CTG リピートの不安定性と DM1 の臨床症状は、リピート自体の長さとリピート配列の純度に依存します。DM1 の遺伝カウンセリングは、臨床症状が非常に多様で、CTG 拡大のサイズと純度を決定する技術的な困難さのため、非常に複雑です。私たちは、PacBio シングル分子リアルタイム シーケンシング (SMRT) を使用して、大きな CTG リピート サイズを正確に測定し、拡大したアレルの配列中断を特定し、DM1 患者の臨床的および遺伝的多様性を理解しました。私たちは、130 から 1000 を超える CTG リピート拡大を伴う複数の DM1 患者を、精製アンプリコンから Sequel I および II システムでシーケンスしました。サンプルあたり 77% を超える完全な DM1 リードが得られ、拡大したアレルからのリードが 70% 以上でした。データには、1000 を超える CTG 繰り返しを持つ DM1 患者を含むすべてのサンプルの予想サイズ範囲内の長い読み取りが含まれています (表 1 および Ref1)。SMRT シーケンスは、大きなトリプレット繰り返し拡張のシーケンス、CTG 繰り返し中断の特定、および DM1 患者の体細胞モザイクの推定に非常に有望です。この方法は、患者に提供される予後とカウンセリングを大幅に改善できます。