ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

マメ科における保存された rbcL アミノ酸配列の相同性モデリング

サーガル・S・パテル、メガ・B・ヴァイディア、ディプティ・B・シャー

この研究は、インドのグジャラート州に生息するマメ科のいくつかの種の相同性モデリングに焦点を当てています。マメ科には、マメ科 (Papilionaceae)、Caesalpiniaceae、Mimosaceae の 3 つの亜科があります。各亜科のいくつかの種の rbcL タンパク質配列の多重配列アライメントを実行し、相同性モデリングのために保存されたアミノ酸を検討しました。進化的に関連するタンパク質は類似の配列を持ち、天然に存在する相同タンパク質は類似のタンパク質構造を持ちます。3 次元タンパク質構造は、配列保存のみに基づいて予想されるよりも進化的に保存されていることが示されています。異なる属に属していても、各亜科で同じ塩基対を持つ共通するアミノ酸がいくつかあることがわかりました。本研究の PDB データベースには保存されたアミノ酸のタンパク質構造がないため、保存されている 3 つの rbcL タンパク質配列 (各サブファミリーから 1 つ) の相同性モデリングを行いました。複数の配列アライメントと Ramachandran Plot による構造検証が実行され、CASTp サーバーを使用して予測されたタンパク質構造の活性部位が特定され、最終的にマメ科のいくつかの保存された rbcL アミノ酸配列の相同性モデリング後に報告された各予測タンパク質の機能が明らかになりました。