細菌学および寄生虫学ジャーナル

概要

パキスタン人集団におけるタイプ特異的プライマーペアを用いたマルチプレックスPCRによるHBV遺伝子型判定および系統解析

ジャベド・イクバル、アビダ・ラザ、ジャバル・ザマン・カーン・ハタク

背景:急性および慢性肝細胞癌を引き起こすB型肝炎ウイルスは、世界中で3億5千万人を超える人々を悩ませている深刻な健康問題です。地理的には、これまでに9つのHBVの遺伝子型が特定されています。4つのオープンリーディングフレーム(ORF P、S、F、X)により、HBVは肝細胞を特異的に標的とします。さらに、HBVのライフサイクルに存在する逆転写プロセスにより、アデノウイルスと比較して4桁高い変異率が引き起こされます。HBVの遺伝子型間の構造的および機能的差異は、ウイルスの重症度、合併症、治療、および場合によってはワクチン接種の基盤となります。B型肝炎の遺伝子型判定は、その臨床的影響と地理的分布を評価するために重要ですが、サブ遺伝子型は、肝癌の発生と医療療法に関連する特定のゲノムマーカーの決定に有用であることがわかっています。パキスタンでは、HBVの分子進化分析に関するデータは報告されていません。したがって、ここで蔓延している優勢な菌株のスペクトルを評価するための研究が強く必要とされていました。

目的:この研究は、パキスタンの人口における HBV 遺伝子型の蔓延状況を明らかにすることを目的としています。この研究では、HBV の新しい系統とサブ遺伝子型を見つけることに焦点を当てました。パキスタンは HBV 流行国の 1 つですが、サブ遺伝子型とその組み換え、または国内で流行しているウイルスの系統学的関連性に関するデータはありません。本研究はこの観点から実施されました。この研究は、将来の研究者がパキスタンの HBV 関連系統の他の側面やその治療法を研究するのに役立つでしょう。

研究の場所と期間：本研究は、イスラマバードの核医学・腫瘍学・放射線治療研究所（NORI）のポリメラーゼ連鎖反応（PCR）研究室で実施され、サンプルは2012年9月から2014年2月の間に収集されました。

研究デザイン: 2012年9月から2014年2月の間に、第1段階で合計450のB型肝炎表面抗原HBsAgおよびHBV DNA陽性サンプルが収集され、さらなる分析のために核医学腫瘍学および放射線治療研究所[NORI]に送られました。すべてのサンプルは、AからHまでの8つのHBV遺伝子型について、型特異的ネストPCRプライマーペア法によって遺伝子型が決定されました。患者は年齢と性別に関係なく無作為に選択され、書面による同意（18歳未満の場合は保護者の同意）が得られました。研究は倫理審査委員会によって承認されました。私たちの研究では、型特異的プライマー技術を使用してパキスタンの人口における優勢な株を見つけ出し、さらにNCBIデータベースから取得した参照配列を使用してその系統発生分析を行いました。

結果:結果は、ウイルス量と特定された遺伝子型の間に直接的な関係があることを示し、パキスタン人の全遺伝子型の中で、遺伝子型 D が最も優勢な遺伝子型であり、高い割合で優勢であることが判明しました。遺伝子型 A と B および C、遺伝子型 D と B および C の混合 HBV 遺伝子型感染は、全サンプルの約 17% を占めています。異なる HBV 株のサブ遺伝子型は、完全なヌクレオチド配列の相違に基づいて特定されています。陽性 PCR 結果は、確認のために 2 回繰り返されました。さらに、系統解析により、報告された配列と参照配列の間に相同性が明らかになりました。系統解析法は、遺伝子型/サブ遺伝子型が地理的領域によって異なり、民族性と強く相関していることを示しました。

結論:パキスタンのコミュニティでは、遺伝子型 D が特定され、最も優勢な遺伝子型であることが判明しました。この研究では、D1 と D3 のサブ遺伝子型が示されています。遺伝子型 A と D は、相互に共感染しており、2 番目に優勢な遺伝子型グループとして寄与しています。さらに、系統発生解析により、遺伝子型は地理的領域によって異なり、NCBI の参照配列と強く相関していることが明らかになりました。