発がんと突然変異誘発のジャーナル

概要

IRF1結合部位のゲノムワイド同定により、細胞死関連遺伝子の広範な占有が明らかに

アレッサンドロ・レッティーノとニコール・M・クラーク

IRF1 はインターフェロンシグナル伝達に関与する転写因子であり、腫瘍抑制活性を持つことが示されています。IRF1 によって制御される経路を包括的に特定するために、クロマチン免疫沈降法とそれに続く大規模並列シーケンシング (ChIP-seq) を使用して、IRF1 の遺伝子ターゲットをゲノム全体で評価しました。乳がん細胞で合計 17,416 の結合イベントを特定しました。IFNgamma (インターフェロン-γ) 処理後の結合部位の機能分類により、「アポトーシス」または「細胞死」が最も豊富なターゲットプロセスであることが判明しました。IRF1 が結合する染色体領域のモチーフ発見分析により、アポトーシス、DNA 損傷、免疫プロセスと相関する多数の固有のモチーフが特定されました。IRF1 形質導入細胞または IFN-γ 処理線維芽細胞からの GEO トランスクリプトームデータの分析により、IFN 処理細胞内の IRF1 結合ターゲットは正の転写応答と関連していることが示されました。発現解析から濃縮された標的遺伝子の多くは、アポトーシスに関連しています。重要なことに、このデータは、IRF1 の重要な機能が抗癌アポトーシス経路の調節であることを示しており、これが IRF1 の腫瘍抑制因子としての役割を強化しています。