ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

長い回文配列の検出と特性評価のためのイネ（ Oryza sativa subsp. indica ）のゲノムマイニング

エルミラ・カタンチ・ヘイヴィ、アサドラ・アフマディカ、アリ・モハンマディアン・モサマム

イネゲノムは完全に配列決定されているため、ゲノム全体の規模で特定の特徴を探すことは、ゲノム進化とその後の応用を研究する上で非常に重要です。回文配列は、さまざまな細胞プロセスの調節に関与する重要な DNA モチーフであり、遺伝的不安定性の潜在的な原因です。ゲノムマイニング手法を適用して、イネゲノム内の長い回文配列を検出し、特徴付けました。スペーサーDNAを含む同一の逆方向反復配列として定義されるすべての回文は、頻度、サイズ、GC含有量、コンパクトインデックスなどに基づいて分析および分類できます。結果によると、イネゲノム全体の回文頻度は高く（約51000回文）、イネの核ゲノムの41.4%をカバーし、回文数が最も多いのは染色体1、最も少ないのは染色体12です。回文数はイネ染色体の拡大（R2>92%）をよく説明できます。回文配列の平均GC含有量は42.1%で、ATに富み、したがって回文配列の複雑性が低いことを示しています。結果はまた、異なる染色体で回文の異なるコンパクト指数を示した（それぞれ最高と最低は染色体8で1 cMあたり43.2、最低は染色体3で1 cMあたり34.5）。共存解析により、イネ遺伝子の20％以上が回文領域と重複し、主に染色体腕に集中していることが示された。この研究結果に基づいて、イネゲノムは進化の過程で最も多くの変異を引き起こした長い回文配列に富んでいると結論付けることができる。一般に、ステムとループを含む回文配列の両方のセクションはATに富んでおり、これらの領域がイネ染色体の低複雑性セグメントに位置することを示している。