ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

Enterococcus faecium CRL1879 におけるバクテリオシン遺伝子のゲノムマイニングと転写解析

スアレス N、ボナチーナ J、エベール EM、サーベドラ L*

9 種類の手作りチーズから分離した 151 の細菌のうち、Enterococcus faecium CRL 1879 が食品媒介病原菌であるリステリア モノサイトゲネスに対して抗菌活性を示しました。分離株は細胞を含まない上清中にプロテイナーゼ K 感受性化合物を生成しました。ゲノム解析により、エンテロシン A、エンテロシン B、エンテロシン P、エンテロシン SE-K4 様、およびエンテロシン X 生合成遺伝子クラスターの存在が実証されました。バイオインフォマティクス ツールを使用して、推定 2 成分バクテリオシンをコードするヌクレオチド配列が検出され、ここではエンテロシン CRL1879αβ と命名されました。定量的リアルタイム PCR 分析 (qRT-PCR) によるすべてのバクテリオシン遺伝子の転写解析により、各エンテロシン遺伝子の転写レベルが異なっていることが明らかになりました。最後に、251 の E. faecium バイオプロジェクトにおけるバクテリオシン遺伝子の分布の分析が行われ、E. faecium CRL1879 で特定された遺伝子と比較されました。判別分析により、バクテリオシン遺伝子は菌株の起源に関係なく、Enterococcus に広く分布していることが実証されました。

この論文で提示された結果は、職人のチーズから分離された E. faecium 株が、6 つのクラス II バクテリオシンと 1 つのクラス III バクテリオシンを生成する完全な遺伝子機構を備えていることを初めて実証したものであり、ユニークな発見です。