水産養殖研究開発ジャーナル

概要

Gene2Path: オーソログ遺伝子の自動検索による魚類遺伝子経路研究のためのデータ分析ツール

ナタリア・バレステロス、ネストル・アギーレ、フリオ・コル、サラ・ペレス・プリエト、シルビア・ロドリゲス・サンジャン

生化学および分子実験からの遺伝子調節パスウェイデータのほとんどは、ヒトまたは実験動物モデルとして一般的に使用される種から抽出されます。したがって、特定の遺伝子識別コード (ID) またはアクセッション番号 (AN) に基づいてこれらのデータを分析するソフトウェアパッケージは、ゲノムレベルでの特性があまりよくない他の生物に適用するのは簡単ではありません。ここで、パスウェイデータベースを自動的に検索して、独立した種固有の方法でマイクロアレイデータを分析する Gene2Path プログラムを開発しました。免疫標的ニジマスマイクロアレイから取得したデータを使用して、ゼブラフィッシュなどの他のよく知られている生物種に定義されているオーソログパスウェイを検索する方法を示しましたが、このソフトウェアは他のケースや関心のある種に適用できます。スクリプトとプログラムは、「GENE2PATH」Web サイト http://gene2path.no-ip.org/cgi-bin/gene2path/index.cgi から無料で入手できます。パッケージにはユーザーガイドと例が付属しています。 Gene2Path ソフトウェアを使用すると、NCBI データベースの自動検索と、グラフィック ネットワーク環境に基づいて取得したデータの簡単な視覚化が可能になります。