発がんと突然変異誘発のジャーナル

概要

結腸直腸癌腫瘍細胞の遺伝子発現メタ分析により、腫瘍形成に関連する遺伝子が明らかになる

ルトヴィ・ヴァヤ

背景:毎年、1,200 万人以上が大腸がん (CRC) と診断され、60 万人以上が死亡しており、大腸がんは 2 番目に致命的ながんとなっています。本研究では、CRC とその他の腺腫瘍サンプル間の差次的遺伝子発現を分析し、CRC 腫瘍形成の発症に寄与する可能性のある発現変化を特定します。

方法:この研究では、4 つの CRC 腫瘍と、大腸に起源を持つ 10 のその他の腺性腫瘍を表す 13 の遺伝子シグネチャを定義しています。遺伝子セット エンリッチメント解析 (GSEA) は、2 つの CRC シグネチャを使用して、GSEA で特定された先端遺伝子から陽性および陰性の CRC 遺伝子パネルを定義するために使用されます。次に、GSEA を使用して、2 つの独立した CRC 遺伝子シグネチャにおける CRC パネルのエンリッチメントと先端遺伝子のメンバーシップを確認します。次に、解析は 4 つの個別のシグネチャと 10 の腺性腫瘍シグネチャに拡張されます。CRC 腫瘍形成に最も関連する遺伝子は、シグネチャ間で GSEA で特定された先端のメンバーシップを交差させることによって予測されます。

結果: CRC 遺伝子識別シグネチャ間には有意なエンリッチメントが見られ、そこから陽性 (55 遺伝子) と陰性 (77 遺伝子) CRC パネルが定義されます。CRC 遺伝子パネルと検証シグネチャ間には非ランダムな有意なエンリッチメントが見られ、そこから 54 の過剰発現遺伝子と 72 の過小発現遺伝子がリーディングエッジ全体で共有されています。他の腺腫瘍サンプルを個別に、また CRC と組み合わせて検討すると、これらのシグネチャ全体で有意な非ランダムなエンリッチメントが見られます。CRC パネルの (SLC25A32、SLC22A3、SLC25A20、SLC36A1、SLC26A3、SLC9A2、SLC4A4、SLC26A2) などの 8 つの溶質キャリア ファミリー遺伝子は、結腸腫瘍の種類に関係なく、すべての遺伝子シグネチャのリーディングエッジで共通に共有されていました。

結論:このメタ分析により、CRC 腫瘍形成のプロセスに関連する遺伝子発現の変化が特定されました。これらの変化は、CRC 患者に利用可能な治療法の開発に貢献する可能性があります。