ナスターシャ・ワシリュー、ドリス・ヒレマン、フロリアン・P・マウラー、トーマス・A・コール、マティアス・メルカー、フォルケ・ブリンクマン、マーク・リップマン、カタリーナ・クランツァー
はじめに:臨床的に分離した Mycobacterium abscessus 株におけるマクロライドおよびアミノグリコシドに対する耐性の亜種の同定と検出のために、新しいライン プローブ アッセイである GenoType® NTM DR が開発されました。このテストの性能を DNA 配列決定および表現型薬剤感受性テスト (pDST) と比較して研究しました。
方法: 2015年から2016年の間に収集された48の臨床M. abscessus分離株を亜種レベルまで同定し、サンガーシークエンシングによりerm(41)遺伝子型、rrlおよびrrs遺伝子変異を分析した。クラリスロマイシンおよびアミカシンのpDSTについては微量液体希釈法を実施した。結果をGenoType® NTM DRアッセイの結果と比較した。不一致の結果は、反復pDSTおよび全ゲノムシークエンシング(WGS)によりさらに分析した。
結果: rpoB 配列に基づき、35 の分離株が M. abscessus subsp. abscessus、6 株が M. abscessus subsp. bolletii、7 株が M. abscessus subsp. massiliense と同定された。GenoType® NTM DR 結果とサンガー配列の一致率は、亜種の同定では 92%、erm (41)、rrl、rrs 遺伝子型ではそれぞれ 100% であった。GenoType® NTM DR と pDST 結果は、反復 pDST 結果を考慮すると、クラリスロマイシン耐性では 98%、アミカシン耐性では 96% 一致した。
結論:新しい GenoType® NTM DR アッセイは、M. abscessus 分離株の亜種を識別し、アミカシンおよびクラリスロマイシン耐性を付与する特定の変異を検出するために役立つテストです。ライン プローブ アッセイと pDST の不一致は、主に表現型テスト結果の変動に関連しています。