ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

牛乳房炎におけるマイクロバイオーム構成の動的変化とゲノム機能ポテンシャル

M. ナズムル ホーク、ムナワル スルタナ、M. アンワル ホセイン*

我々は、以前発表された「牛乳房炎の進行のマイクロバイオームダイナミクスとゲノム決定因子」と題する研究についてのミニレビューを提供します。この研究では、牛乳房炎のさまざまな病態生理学的状態におけるゲノム機能ポテンシャルによって促進されるマイクロバイオーム構成の動的変化の可能性を報告しました。最先端の全メタゲノムシーケンシング（WMS）アプローチを使用して、臨床乳房炎（CM）、再発性臨床乳房炎（RCM）、亜臨床乳房炎（SCM）、および健康な（H）ミルクメタゲノム（CM>H>RCM>SCM）全体でマイクロバイオーム構成と存在量の明確な変動を報告しました。細菌が優勢な微生物ドメイン（> 99.0%の相対存在量）であり、古細菌とウイルスがそれに続きました。4つのメタゲノムにわたるバクテリオム構成の動的変化は、乳房炎メタゲノムでこれまで報告されていなかった日和見菌株が67.19%含まれることで数値的に支配的でした。この研究では、これらのメタゲノム全体にわたるマイクロバイオームの独自の共通分布も報告されています。マイクロバイオームの構成と多様性に加えて、この研究では、CM、RCM、SCM、およびHマイクロバイオームにおけるいくつかの毒性因子関連遺伝子（VFG）と抗生物質耐性遺伝子（AGR）の関連性が報告されています。機能注釈により、さまざまな乳房炎のエピソードに関連するいくつかの代謝経路が検出されました。したがって、公開されたデータでは、さまざまな種類の乳房炎におけるマイクロバイオームの構成の変化、VFGS、ARG、およびゲノム機能ポテンシャルの同時評価が、マイクロバイオームに基づく乳房炎の診断および治療法の開発に貢献し、この疾患による経済的影響の抑制に重要な意味を持つことが明らかになりました。