微生物および生化学技術ジャーナル

概要

リステリア・モノサイトゲネスの商用配列ベース菌株タイピングサービスの開発と評価

トム・エドリンドとヤンホン・リウ

リステリア モノサイトゲネスは、重要な食中毒病原体であり、多くの食品加工施設で持続的に汚染されています。菌株の分類は、発生の検出と調査に不可欠であり、汚染源の追跡に使用できます。現在使用されている分類システムには、解像度の低さやデータの移植性、高コスト、技術的な複雑さなど、さまざまな制限があります。この研究の目的は、これらの制限に対処するリステリア モノサイトゲネス菌株の分類のアウトソーシング オプションを開発することです。109 菌株を表す NCBI ゲノム データベースから、非常に有益なタンデム リピートを含む遺伝子座をスクリーニングしました。最も有望なのは、LmMT1 (0.8-1 kbp) と LmMT2 (0.7-0.8 kbp) と呼ばれ、複雑な多型パターン (挿入/欠失および一塩基多型) を示し、多様性指数は 0.99 (LmMT1) と 0.98 (LmMT2) で、NCBI データベースに表示されているすべての L. monocytogenes と 1 種 (LmMT1) から 4 種 (LmMT2) の追加の Listeria 種に存在していました。Miya ら (J. Microbiol. Methods, 2012, 90:285-291) は、異なる菌株セットを使用して、同じ 2 つの遺伝子座のより限定された領域 (0.3-0.5 kbp) で、多様性指数が 0.95 と 0.91 であると以前に報告しました。 LmMT1 および LmMT2 配列の系統発生解析により、血清型 (4b、1/2a、および 4a 複合体) と進化系統 (I、II、および III/IV) に対応する明確なクラスターが明らかになりました。現在のゴールド スタンダードである PFGE との比較により、LmMT1 のタイピングは比較的識別力が高いことが示唆されています。重要な点は、4 つのアウトブレイクからの株が対応するクラスターを形成したのに対し、2002 年の発生からの株は関連する環境および食品/ヒト分離株に分解され、疫学的関連性が疑問視されたことです。実験室では、LmMT1 および LmMT2 のタイピングは堅牢であることが証明され、非危険性の加熱不活化懸濁液として提出されたコロニーから高品質の配列が生成されました。62 の多様な株からの LmMT1 配列の解析により、一塩基多型に基づくタイピングと全体的に一致することが実証されました。