植物病理学および微生物学ジャーナル

概要

Fusarium Oxysporum f. Sp. lycopersici の迅速検出のためのループ介在等温増幅アッセイの開発と応用

モハマド・アミン・アルマシ、セイエド・モハマド・ホセイニ・デハバディ、アブバクル・モラディ、ザーラ・エフテカリ、メフディ・アガプール・オジャグカンディ、サイデ・アガイ

Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici の検出のために、比色ループ介在等温増幅 (LAMP) を使用する、信頼性が高く迅速な病原体検出プロトコルが初めて開発されました。これに関して、6 つの LAMP プライマー (F3、B3、FIP、BIP、LF、LB) すべてと PCR プライマー (F および R) は、真菌ゲノムの 28s リボソーム RNA 遺伝子 (GenBank アクセッション番号: HM057281.1) に基づいて設計されました。PCR および LAMP アッセイは感染陽性サンプルを検出できましたが、時間、安全性、コスト、および簡便性を考慮すると、後者の方が全体的に優れていました。さらに、結果から、LAMP アッセイは PCR と比較して 100 倍の感度と 4 倍の速さであることが示されました。興味深いことに、LAMP 反応は DNA 精製なしで Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici を検出できました (直接 LAMP)。一方、LAMP 産物の検出に使用される 6 つの視覚染料のうち、ヒドロキシナフトール ブルー、GeneFinderTM、SYBR Green I は、交差汚染のリスクを防ぐために、密閉チューブベースのアプローチで長時間安定した色の変化と明るさを生み出すことができました。全体として、LAMP は感度が高く、費用対効果が高く、かなりユーザーフレンドリーであり、血清学的方法、PCR、その他の分子的方法などの従来の診断手順よりも正確な結果を生成できるため、Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici の認識、およびおそらく他の真菌性疾患に関する信頼性の高い代替真菌認識システムとしてこの比色アッセイを提案します。