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ジャーナルチラシ
概要
虚血性心筋症に関連する miRNA と遺伝子発現プロファイルの構築: バイオインフォマティクス解析
Phong Son Dinh、Jun-Hua Peng、CauMy Thanh Tran、Thanh Loan Tran、Shang-Ling Pan
目的:虚血性心筋症 (ICM) は、過去数十年にわたり、高齢者の罹患率および死亡率の最も一般的な原因となっています。その最も重要な理由の 1 つは、その正確な根本的メカニズムがまだ十分に理解されていないことです。
方法: GEO データベースから 5 つのデータセットをダウンロードしました。R RobustRankAggreg パッケージによって、差次的遺伝子発現 (DGE) が特定されました。Limma パッケージによって、差次的 miRNA 発現が評価されました。次に、clusterProfiler データベースによって遺伝子の潜在的機能が決定されました。cyTargetLinker によって miRNA-DGE 調節ネットワークが予測されました。次に、STRING ツール、MCODE、および BiNGO ツールを使用して、タンパク質間相互作用ネットワークが構築されました。
結果: 91 個の miRNA と 274 個の潜在的遺伝子が特定されました。これらのうち、COL1A1、IGF1、CCND1 は多くのシグナル伝達経路に関与していることが判明し、miR-9-5p は ICM で重要な役割を果たしていることが判明しました。
結論:私たちの研究により、ICM の潜在的な鍵となる遺伝子と miRNA、および潜在的な根底にある分子病態が解明されました。これは、この疾患の早期介入への新たな道につながる重要なステップです。
目的:虚血性心筋症 (ICM) は、過去数十年にわたり、高齢者の罹患率および死亡率の最も一般的な原因となっています。その最も重要な理由の 1 つは、その正確な根本的メカニズムがまだ十分に理解されていないことです。
方法: GEO データベースから 5 つのデータセットをダウンロードしました。R RobustRankAggreg パッケージによって、差次的遺伝子発現 (DGE) が特定されました。Limma パッケージによって、差次的 miRNA 発現が評価されました。次に、clusterProfiler データベースによって遺伝子の潜在的機能が決定されました。cyTargetLinker によって miRNA-DGE 調節ネットワークが予測されました。次に、STRING ツール、MCODE、および BiNGO ツールを使用して、タンパク質間相互作用ネットワークが構築されました。
結果: 91 個の miRNA と 274 個の潜在的遺伝子が特定されました。これらのうち、COL1A1、IGF1、CCND1 は多くのシグナル伝達経路に関与していることが判明し、miR-9-5p は ICM で重要な役割を果たしていることが判明しました。
結論:私たちの研究により、ICM の潜在的な鍵となる遺伝子と miRNA、および潜在的な根底にある分子病態が解明されました。これは、この疾患の早期介入への新たな道につながる重要なステップです。