ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

Amborella Trichopoda における保存された miRNA とその標的の計算による同定、特性評価、分析

Hajieghrari B、Farrokhi N、Goliaei B、Kavousi K 氏

マイクロRNA（miRNA）は、約22ヌクレオチドの一本鎖非コード内因性小RNAであり、転写後レベルで遺伝子発現の調節に直接関与しています。miRNAは、発達と生物的および非生物的ストレスへの応答において重要な役割を果たします。植物種における比較的高い保存性のため、相同性検索によって新しいmiRNAを特定できます。ここでは、Amborella trichopodaのmiRNAを特定しました。miRBaseの既知および固有の植物miRNAを、A. trichopodaの発現配列タグ（EST）およびゲノム調査配列（GSS）に対してBLAST検索しました。適切なフォールドバック構造を持つすべての候補配列は、一連のmiRNAフィルタリング基準によってスクリーニングされました。最後に、ESTの5つのmiRNA遺伝子ファミリーに属する5つの潜在的保存miRNAと、GSSの39のmiRNAファミリーに依存する82の新規特定miRNAを特定し、保存性を分析しました。同定された miRNA の潜在的な標的遺伝子は、A. trichopoda ゲノム配列のスキャフォールド割り当てに対して psRNATarget を使用して、それぞれの miRNA に対する配列相補性に基づいて同定されました。合計で、A. trichopoda ゲノムの 1219 の標的部位が同定されました。そのうち、941 (77.19%) が miRNA 切断の対象であると予測され、278 (22.81%) のスキャフォールドが mRNA の翻訳抑制によって制御されました。予測された miRNA のうち、18 は A.trichopoda に標的配列がありませんでした。