ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

「回虫症」の主要組織適合遺伝子複合体結合抗原ペプチドを特定するための計算的アプローチ

ミシュラSとゴマセVS

Ascaris lumbricoides はヒトに「回虫症」を引き起こし、その撲滅は大きな社会的関心事です。今回の研究では、PSSM (位置特定スコアリング行列) や SVM (サポートベクターマシン) アルゴリズムなどの計算手法を使用して、MHC (主要組織適合遺伝子複合体) クラス I および II 結合ペプチドを予測しました。Ascaris lumbricoide 配列の Cytochrome b (ミトコンドリア) タンパク質の MHC-I 分子へのペプチドバインダーは、11mer_H2_Db、10mer_H2_Db、9mer_H2_Db、8mer_H2_Db であると予測しています。また、この研究では、アミノ酸の配列と特性を使用して、ペプチド MHC クラス I 結合、プロテアソーム C 末端切断、および TAP 輸送効率の予測も統合しています。また、位置特定スコアリング行列を使用して、さまざまな対立遺伝子へのペプチドの結合も確認しました。抗原性 MHC 結合ペプチドを持つ 357 個のノナマーを持つ、Ascaris lumbricoides 由来のシトクロム B (365 残基長)。PSSM ベースのサーバーは、MHCII 分子の配列からペプチド バインダーを予測します。これらは、Ascaris lumbricoides 由来のシトクロム B の抗原性エピトープ領域にある I_Ab.p、I_Ad.p、I_Ag7 です。この調査は、合理的なワクチン設計に役立ち、同時に、抗原に対する免疫システムの役割の理解を深めることができます。