ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

ヒトヘルペスウイルスのカプシドタンパク質の距離と特徴に基づく系統樹の計算解析

ヴィパン クマール ソーパル、アプルバ デイ、アマルパル シン

分子系統学は進化分析の基本的な側面であり、距離と特性に基づく方法に依存します。本稿では、置換モデル、網羅的検索による系統モデル、およびME技術を使用して、HHVのウイルスカプシドタンパク質を比較し、タンパク質間の関係を分析します。形状パラメータによるポアソン補正がNJツリーとUPGMAツリーに与える影響も分析します。広範なコンピュータシミュレーションにより、系統樹は置換距離を反映していることを示します。最大ミニ分枝限定法、ミニミニヒューリスティックモデル、および特性ベースのツリーに関連する対数尤度の影響についても説明します。タンパク質の関係を完全に分析するために、MLとMPを適用しました。置換モデル、形状パラメータ、検索レベル、およびSBLが系統樹の再構築に重要な役割を果たすと結論付けています。分子時計研究では、近いタンパク質と遠い関連タンパク質を比較すると、χ2値が高くなることが示されています。