微生物および生化学技術ジャーナル

概要

小売用カキ組織からの細菌DNA分離のためのさまざまな方法の比較

Qian Zhang、Min Dai、Yanhong Liu、Min Zhou、Xianming Shi、Dapeng Wang

カキは濾過摂食動物で、摂食中に水中の細菌を蓄積します。えらや消化腺を含む市販のカキの組織から抽出した細菌ゲノム DNA を評価するために、4 つの分離法を使用しました。ゲノム DNA 抽出は、Allmag™ Blood Genomic DNA (Allrun、中国上海)、MiniBEST Bacterial Genomic DNA Extraction kits (Takara、中国大連)、フェノールクロロホルム法および煮沸溶解法を使用して行いました。ゲノム DNA の濃度は分光光度計を使用して測定しました。ゲノム DNA の純度は、16S rDNA の PCR 増幅によって評価し、続いてアンプリコンの pMD19-T ベクターへのクローニング効率を測定しました。さらに、細菌 DNA の品質も、腸炎ビブリオの種特異的プライマーのペアを使用した PCR アッセイによって評価しました。結果から、2 つの市販キットは DNA の純度が最も高かったものの、収量は最も低かったことがわかりました。フェノール-クロロホルム法は、時間がかかりましたが、最も高い収量が得られました。煮沸溶解法はシンプルで費用対効果に優れていますが、濃縮工程後の小売サンプルに存在する細菌からゲノム DNA を分離する場合にのみ適しています。2 つの市販キットは、濃縮工程なしで小売カキ組織からゲノム DNA を抽出するのに適しています。